轻度的周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术有两种方式.
在手术治疗上又分传统手术治疗和微创治疗.传统的手术主治疗主要是将肛周的化脓组织清理干净，其方法是局部麻醉后用手术刀切开化脓的皮肤，将脓液用刮齿刮出来，然后放引流，这种方法如果刮不干净或引流不充分很容易导致伤口感染或脓肿复发，而且恢复慢，其治疗逐渐已被取代.微创手术治疗又分激光高温烧灼术和等离子微创消融术.现阶段也有很多医院推出激光的治疗，激光的治疗比较彻底，治疗效果也得到肯定，但是激光的原理是发射高温烧灼的激光进行治疗，温度大约在600°左右，在对病灶治疗的同时也损害了正常的组织，恢复缓慢，而且容易造成新的肛周疾病.
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