少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散。但多数需要手术治疗，手术有两种方式。
性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用凡士林纱条放入脓腔做引流。
(二)无痛治肛周脓肿脓腔与肛瘘相通的脓肿可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，无痛治肛周脓肿可采用挂线疗法。
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