胆总管结石可分为原发性和继发性。

我们知道，有时候上游的“泥沙”会冲到下游，所以胆总管结石中有一部分是被冲过来的胆囊结石，这种结石称为继发性胆总管结石。那种真正在胆总管中形成的结石被称为原发性胆总管结石。原发性胆总管结石大部分是以胆红素钙为主要成分的色素性混合结石，有的为泥沙样结石，质地松软易碎。其形成与胆管感染有密切关系，同时多伴有肝内胆管结石。继发性胆总管结石虽然在胆管内，但却具有胆囊结石的性质，即主要为胆固醇结石和混合型结石，其形成与胆汁酸和胆固醇的代谢异常有关，多不伴有肝内胆管结石。在我国，胆总管结石症较别国多见，约占胆结石患者的30％～40％，预后较胆囊结石症差。

肝内胆管结石几乎全都是胆色素结石或者以胆色素为主的混合型结石。这种结石大多呈泥沙样或煤渣样团块，松软易碎，不易成形或呈胆道形状，颜色多为棕褐色或黑色。

肝内胆管结石是指肝总管分叉以上的胆管内结石。一般均原发于肝内胆管，也可先患胆总管结石，因胆管梗阻寄发肝内胆管感染，导致肝内胆管结石形成，其中多为胆色素结石和混合型结石。结石可广泛分布于左右肝的肝内胆管，也可局限于一处，以左肝外叶最常见。这是因为该处胆管弯曲度较大，胆汁引流更加不畅之故。在中国，肝内胆管结石症的发病率远较别国为高，一般约占胆结石患者的25％左右。由于这种结石难以完全清除或清除后又复发，在三种结石中预后最差。