脓肿发生的位置不同，症状也不同。

1.肛周皮下脓肿主要是疼痛，最初为胀痛、化脓时跳痛、排便时疼痛加重，脓肿在肛门前方可发生尿潴留，脓肿在肛门后方出现尾骶部疼痛。全身中毒症状轻，局部肿胀，发红、压痛、有波动感。

2.坐骨直肠窝脓肿患者有周身不适、发热寒战、体温升高等全身中毒症状。局部见肛门一侧肿胀、发红、灼痛、跳痛、压痛、坐卧不安，活动和排便时痛加重，有排尿困难等。

3.骨盆直肠窝脓肿患者全身症状重，先寒战高热，周身疲倦，严重者可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。

4.直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，患者不能端坐。

5.直肠粘膜下脓肿 患者有周身不适，疲倦，发热。局部以直肠刺激症状为主，有里急后重，下坠，便次多或便意感等。

除上述几种肛周脓肿外，结核性肛门直肠周围脓肿与上述细菌性感染不同，患者常是慢性发病，脓肿经数周、数月后才能形成，局部疼痛不剧烈，伴有低热，局部红肿也不明显，破溃后流出的脓液清稀、乳白色，脓口凹陷，周围皮肤发青或呈青白色，常有多个流脓的外口，经久不愈。全身检查可以发现肺部、大肠或其他部位的结核病灶，脓液培养可找到结核杆菌。