输尿管结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。原则上对双侧肾结石先取手术简便安全的一侧；一侧肾结石，另一侧输尿管结石，先取输尿管结石；双侧输尿管结石先取肾积水严重的一侧。对有严重梗阻、全身虚弱不宜行较复杂的取石手术者，可先行肾造瘘。根据结石大小、形状和部位不同，常用的有以下几种手术方式：

1、肾盂或肾窦切开取石术

切开肾盂、取出结石，鹿角状结石或肾盏结石，有时须作肾窦内肾盂肾盏切开取石。

2、肾实质切开取石术

肾结石较大，不能经肾窦切开取石者，需切开肾实质取石。

3、肾部分切除术

适用于肾一极多发性结石（多在肾下极），或位于扩张而引流不畅的肾盏内，可将肾一极或肾盏连同结石一并切除。

4、肾切除术

一侧肾结石并有严重肾积水或肾积脓，使肾功能严重受损或丧失功能，而对侧肾功能良好者，可行切除患肾。

5、输尿管切开取石术

输尿管结石直径大于1厘米或结石嵌顿引起尿流梗阻或感染，经非手术疗法无效者可行输尿管切开取石术。

6、套石术

输尿管中下段结石直径小于0.6厘米，可试行经膀胱镜用特制的套篮或导管套取。