大便失禁的诊断通过病史分析，包括症状表现以及原发病因的临床分析，初步可以成立。视诊检查可见肛门处有原手术或外伤疤痕畸形，有粪便沾染现象。

肛指检查见肛管松弛或括约肌收缩功能差等，临床诊断可以确立，原发病因在神经系统和结肠者，要通过神经系检查钡剂灌肠和内窥镜检查等来确立。

近年来对肛肠功能检查有一些新的进展，包括肌电描记可见到肌肉张力异常，肛门反射潜伏期加长，肛门皮肤反射和直肠膨胀正常反射消失等，肛直肠腔内气囊测压描记可见到压力图异常。排粪X线造影可见到肛管直肠角消失等，这些检查有助于区分病变，病因和制定合适的治疗方法。

肛门失禁有不同病因和不同程度，因此临床表现也各有不同。有些病例的表现为主要病变所掩盖，如脑外伤和脑血管意外病人，神志不清，粪便溺床，除护理中注意外，人们多集中注意对脑部情况的处理。

先天性巨结肠病例，主要表现为大便秘结、腹胀和腹部极度膨隆等。由于大量粪便充塞结肠，使结、直肠协调作用失控，加以肠壁神经缺如，硬粪箝压直肠等因素，出现肛门失禁，粪水从硬粪旁漏出。

在常见的肛直肠手术后并发肛门失禁的病人中，有些病例症状较轻，诉腹泻时稀便不能控制。有些病人主诉会阴部常有粘液和粪便沾染，也有主诉粪便不能随意控制，或夜间不能控制。也有在排气时有漏粪等不同程度的失控表现。