本病在诊断中，应注意与如下疾病相鉴别：
1、结核性脓肿
发病缓慢，局部无急性炎症，疼痛不如非特异性脓肿明显，常与全身其它部位结核并存，破溃后流出脓汁，质稀薄呈淘米水样和白絮样，混有干酪样坏死组织；
2、放线菌性脓肿
多发生在臀部皮下或肛管直肠粘膜下，一般脓肿、瘘道、溃疡三者并存。脓液稀薄，其中有硫黄色小颗粒，同时全身有较重的中毒消耗症状；
3、化脓性汗腺脓肿
多在肛门与臀部皮下，脓肿较浅而病变范围广，病变区皮肤变硬，急性炎症与慢性瘘道并存，脓液粘稠，呈白粉粥样，并有臭味，全身有慢性消耗症状，呈慢性病容；
4、平滑肌瘤
肿物圆形或椭圆形，表面光滑，质地坚硬，与肛窦无关系，无全身感染症状，确诊前应先做病理检查。
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