囊虫病绝大多数是猪条虫病的自体感染，或进食猪条虫卵污染的水和食物引起感染的。因此，忌吃生肉或半生不熟的“米猪肉”，讲究饮食卫生与个人卫生把好病从口入关，是预防本病的关键。囊虫病杀虫治疗时易诱发高热、头痛、抽搐、脑水肿与癫痫发作，危险性大，故宜住院治疗。囊虫病眼型和脑室型在比奎酮治疗前应选择性作手术治疗，否则会加重病情，引起失眠或颅内高压。比奎酮是治疗各型囊虫病的有效药物，服药后虫体多于4周内死亡。但比奎酮通过血脑屏障差，治疗脑囊虫病时，需多个疗程治疗，直至虫体在ct/mr观察下全数死亡，预防病情反复。
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