很多神经系统疾患，结直肠疾患和对肛直肠的直接损伤等均可造成肛门失禁。肛门失禁的主要和常见的病因有：
①神经系统疾患：脑血管意外、脑动脉硬化、脑外伤、脊髓损伤、脊髓瘤、脊柱裂等；
②结直肠疾患：先天性巨结肠、溃疡性结肠炎、结、直肠癌、直肠脱垂、肛直肠畸形等；
③肛直肠直接损伤：其中手术损伤是常见原因，包括肛瘘、肛裂和痔等手术以及硬化剂注射。此外，还有会阴撕裂 意外伤，枪弹伤和异物等病因。根据天津滨江医院报道95例肛门失禁，有69例是手术损伤所造成。老年人身体衰弱 大便嵌塞亦可引起失禁。
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