输尿管结石的正确诊断不仅是肯定有无结石，还要确定结石的大小、位置，两侧肾的功能和肾积水的程度，有无感染等。典型的肾绞痛与血尿是诊断的重要线索。在疼痛发作时肋脊区有压痛、叩击痛。女性输尿管下端较大的结石能在阴道穹窿处触及。

90%以上的输尿管结石在尿路平片上可被显示，草酸钙显示最佳，但需与腹腔淋巴结钙化、盆腔内静脉石、阑尾内粪石和骨岛角相鉴别。静脉尿路造影主要了解结石的部位和肾功能与有无积水，必要时行大剂量尿路造影及放射性核素肾图检查，均能进一步了解肾功能情况。膀胱镜检查与输尿管插管在结石处受阻，并拍平片钙化阴影在导管的同一平面，即能肯定输尿管结石的诊断。阴性结石用空气为对比剂作逆行造影摄片，则可显示结石的存在。另外CT及B型超声检查有助于对X线平片不显影结石的诊断。