无论用何种方法，尿石症的复发率都比较高。治疗方法的选择应取决于结石的大小、数目、形态、部位、是否合并梗阻和感染以及尿路有否狭窄和畸形等。

1.输尿管肾镜取石和碎石术

输尿管肾镜可直接观察输尿管及肾盂内有否结石和狭窄，小结石可用取石钳或取石蓝直接取出，大的结石则用钞激光或气压弹道碎石予以击碎排出。用饮激光可同时切开输尿管狭窄环、祛除增生的肉芽使尿路通畅减少尿石复发。

2.经皮肾镜取石和碎石术

在BUSs或X光定位下将细针经腰部皮肤穿刺入肾盏，然后逐步扩张建立通道，将肾镜经通道置入旨盂肾盏进行取石或碎石。PCNL是一种先进的肾结石微创治疗方法，但仍有损伤、出血、感染等并发症。

3.开放手术是尿石症的传统治疗手段，取石效果确切，但由于创伤大、结石易复发等原因，现在大部分尿石症治疗已被微创方法所替代。但开放手术具有术中解除畸形、狭窄等复杂并发情况的能力目前仍然不可替代。

常用开放手术术式有：肾孟切开取石术、肾实质切开取石术、肾部分切除术、肾切除术、输尿管切开取石术等。