大便失禁的治疗包括药物、行为及手术治疗。

　　药物治疗

　　可使用止泻剂、三环抗忧郁剂，改变大便的浓稠度，平日多增加纤维质的摄取也会有帮助。如果是因便秘引起的大便失禁，可使用一些泻剂 。

　　物理治疗

　　教育病人练习放松腹部肌肉同时收缩肛门括约肌，训练方式包括在肛门口放置一水球，当水球水涨满时，肛门括约肌可练习收缩，或者可用肌电图辅助，即可看见括约肌收缩的强度。

　　物理治疗的成功与否要看病人的合作程度及病人对治疗的原动力，然而对那些导置肛门部分感觉缺失及括约肌松弛的病人，物理治疗的效果是比较好。

　　手术治疗

　　最主要是针对骨盆肌肉型态有异常的病人，合并物理治疗及手术比使用单一治疗方法，对改善大便失禁的效果更好。

　　对那些与便秘及腹泻有关的大便失禁病人，使用保守疗法且合并教育病人调整饮食及大便习惯，或者使用药物藉以改变大便黏稠度，约有60~90%的机率可改善。

　　至於保守性疗法失败的病人及骨盆肌肉松弛、或对肛门扩张感觉缺失的病人，可使用物理治疗的方法。藉由训练骨盆底肌肉的强度来改善大便失禁，成功率约60%。

　　在妇产科门诊，最常见的还是与生产有关的括约肌损伤，这种病人通常可经由修补手术获得很好效果。对有大便失禁的病人，临床上还是要仔细评估，才能做出最有利的治疗。